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哥本哈根大学成立于1479年6月1日，国王克里斯蒂安一世批准其成立。和欧洲其他国家早期的大学一样，哥本哈根大学最初也是由天主教会创建，属天主教会管辖，以培养教士、传播基督教思想为职责。早期的哥本哈根大学的专业设置除神学外，还包括法学、医学和哲学。1482年，大学图书馆建立。1533年至1536年，学校经历了3年丹麦内战。

索邦大学由原皮埃尔和玛丽居里大学（巴黎第六大学）与原巴黎-索邦大学（巴黎第四大学）于2018年1月1日合并而成。这一合并方案是由两所大学的校长于2015年9月提出的，和其他一些法国大学组成联盟的形式不同，此次两所大学的合并是真正意义上的大学合并，对于其他法国大学的合并之路有很强的借鉴意义。